Dim WB1 as Workbook
Dim WB2 as Workbook
Dim Path2 as String
'Прописываем путь второго файла (вместе с именем файла и расширением)
Path2="C:\Каталог\Файл2.xlsx"
'Определяем что WB1 - книга из которой вы запустили макрос
Set WB1=ActiveWorkbook
Workbooks.Open (Path2)  
'Определяем что WB2 - книга, которую вы только что открыли
Set WB2=ActiveWorkbook
'Далее можно как у Вас (за исключением, мы всё же должны определить на каких листах книг рассматриваем области):
for i=1 to 10
for j=1 to 10
if WB1.Worksheets(1).cells(j, 1) = WB2.Worksheets(1).cells(i, 1)
then
бла бла бла
next j
next i
'После отрабатывания макроса, можно ненужную книгу закрыть (в данном примере True означает с сохранением изменений:
WB2.Close True